Helsedirektoratet har opprettet fem ALIS-kontorer som til sammen betjener hele Norge. Kontorene er lagt til Bodø, Trondheim, Bergen, Kristiansand og Ringsaker. De tre førstnevnte skal dekke kommunene i hhv. Helse-Nord, Helse Midt-Norge og Helse Vest. Kontorene i Kristiansand og Ringsaker skal sammen stå til tjeneste for kommunene i Helse Sør-Øst. Et sjette ALIS-kontor med ansvar for Oslo planlegges startet opp i 2022.
De regionale ALIS-kontorene skal jobbe med å styrke, koordinere og legge til rette for spesialistutdanningen i allmennmedisin, blant annet i samarbeid med kommunene og helseforetakene i Norge.
Gjennom Forskrift om kompetansekrav for leger (Kompetanseforskriften) og Spesialistforskriften har kommunene fått styrket sitt ansvar for spesialistutdanning av leger. Kompetanseforskriften setter blant annet krav til at alle leger med kliniske oppgaver i kommunen skal være spesialister i allmennmedisin eller under spesialisering i allmennmedisin (Kompetanseforskriften §3).
Spesialistforskriften regulerer gjennomføringen av utdanningen. Alle kommuner med leger i spesialiseringens del 2 og 3 skal være registrerte utdanningsvirksomheter og tilby helhetlig utdanningsløp og veiledning (Spesialistforskriften § 19).
ALIS- kontorene skal støtte og gi råd til kommunene i planlegging, etablering og oppfølging av utdanningen for allmennlegene, og ved inngåelse av ALIS-avtaler. Slik skal ALIS-kontorene bidra til rekruttering og tilrettelegging for spesialisering, og til trygghet for legen gjennom spesialiseringsløpet.